Національний депозитарій України створений відповідно до Закону України «Про Національну депозитарну систему та особливості електронного обігу цінних паперів в Україні» для забезпечення функціонування єдиної системи депозитарного обліку.

Договір про заснування Національного депозитарію України підписано ДКЦПФР та НБУ 18 грудня 1998 року. Державна реєстрація відбулася 17 травня 1999 року.

Статутний капітал Публічного акціонерного товариства «Національний депозитарій України» становить 103 200 000 гривень. Структура власності ПАТ «НДУ»: 25% акцій належить Держава Україна (управління здійснює НКЦПФР), 25% - належать Національному банку Україна, 24,99% - ПАТ "Державний ощадний банк України", 10,94% - КНПФ Національного банку України, 9,99% - АТ "Укрексімбанк", менше 5% акцій – іншим власникам.

12 жовтня 2013 року набрав чинності Закон України «Про депозитарну систему України» (далі – Закон), згідно з яким ПАТ «НДУ» набуває статусу Центрального депозитарію з дня реєстрації НКЦПФР в установленому порядку Правил Центрального депозитарію (рішення НКЦПФР від 01.10.2013 №2092).

Центральний депозитарій веде депозитарний облік усіх емісійних цінних паперів, крім тих, облік яких веде Національний банк України відповідно до компетенції, визначеної Законом.